Zwischen 1155 und 1165 waren die beiden wichtigen portugiesischen Klöster Mosteiros de Santa Cruz in Coimbra und Alcobaça bestens mit den Mutterhäusern in Avignon und Citeaux, vernetzt - und ihnen gehörten die größten Bibliotheken des Landes.
Die Notwendigkeit einer akademischen Ausbildung wurde immer dringlicher und so kam es, dass im Jahr 1288 alle Kirchengemeinden von Vila Viçosa bis Santarém gemeinsam beschlossen, in Lissabon eine Akademie zu gründen. Sowohl die Dozenten wie auch die notwendigen Bücher wurden von den Klöstern in Alcobaça wie Coimbra gestellt.
In zwei historischen Dokumenten wird die Gründung der Universität bestätigt. In einem ist die Zustimmung und Absegnung durch den Papst Nikolaus IV. festgehalten, das andere ist ein Rundschreiben mit der Überschrift “Scientiani Thesaurus Mirabilis” vom 1. März 1290, das der König Dom Dinis an alle seine Untertanen verschickt hat.
Am 9. August 1290 schließlich wurde die Universität in Lissabon "o Studium Generale" von Papst Nikolaus IV. eingeweiht, und es gab damals vier Fachrichtungen: Kunst, Medizin, kanonisches Recht und Jurisprudenz.
Dom Dinis ermöglichte es durch die finanzielle Unterstützung der Krone und die Einführung fester Mieten der Kirche, die Lehrkräfte zu unterhalten und die anfallenden Studiengebühren niedrig zu halten. Den Studenten sicherte er zudem zu, dass sie nach bestandenem Examen, mit Ausnahme der Theologie, ebenfalls dozieren dürften - egal an welcher Schule.
Die Universität wechselte mehrmals den Standort: 1308 verlagerte Papst Clemens V. die Universität das erste Mal nach Coimbra, 1338 kam sie auf Anordnung vom König Dom Fernando wieder nach Lissabon, mit der Begründung, dass dort die meisten Studenten herkämen (Adel, Geistlichkeit und weniger gut begüterte, die eine kirchliche Laufbahn anstrebten). Zudem war es bekannt, dass die Nähe zum königlichen Hof natürlich auch seine Vorteile mit sich brachte.
Dom Fernando änderte seine Meinung nicht nur einmal: 1354 verlegte er den Universitätssitz wieder nach Coimbra, 1378 erneut nach Lissabon. In diesem Jahr wurde die Universität von Grund auf neu strukturiert. Die Trennung zwischen kanonischem Recht und Zivilrecht wurde von Papst Clemens VII. bestätigt.
Erst 1537 verlegte König Dom João III. die Universität endgültig nach Coimbra. Die Uni ist nicht nur die älteste Bildungseinrichtung dieser Art in Portugal, sondern zählt auch zu den ersten und ältesten Universitäten Europas. Sie ist Namensgeber für die so genannte Coimbra-Gruppe europäischer Forschungsuniversitäten.
Die beeindruckende "Bliblioteca Joanina" wurde 1728 eingeweiht und ist heute eine der beeindruckendsten Bibliotheken weltweit. Der botanische Garten wurde 1772 als Lehrgarten für Medizinstudenten angelegt und ist der älteste seiner Art in Portugal. Seit 2013 gehört die Universität Coimbra zum UNESCO-Weltkulturerbe.
