Die Legende berichtet, dass die Madonna am 13. Mai 1917 den drei Hirtenkindern auf einem freien Feld in der Nähe von Fátima erschien.
Gegen Mittag, nachdem die Kinder wie üblich ihren Rosenkranz gebetet hatten, spielten sie wie immer und bauten kleine Häuser aus den herumliegenden Steinen (heute der Standort der Basilika), während sie weiter auf die Herde aufpassten. Plötzlich flackerte ein helles Licht, und die Kinder nahmen fälschlicherweise an, dass es sich dabei um einen Blitz handelte. Sie machten sich also daran, schnellstmöglichst die Tiere zusammenzutreiben, um zurück ins Dorf zu eilen. Doch gleich darauf umhüllte das gleißende Licht die Umgebung und die Kinder sahen überhalb einer kleinen Steineiche (heute Erscheinungskapelle) "eine Senhora, die heller schien als die Sonne" und die einen weißen Rosenkranz in den Händen hielt.
Die drei Kinder von Fátima: Jacinta Marto (7), Lúcia dos Santos (10)
und Francisco Marto (9, von links nach rechts)
Sie bat die Kinder am 13. Tag jedes der folgenden fünf Monate um die selbe Uhrzeit an derselben Stelle zu sein. Die Kinder kamen der Bitte nach und in den Monaten Juni, Juli, September und Oktober erfuhren sie von der Madonnenerscheinung Dinge, die ihr Dorf, Cova da Iria, betrafen.
Am 19. August 1917 sah man die Erscheinung in Valinhos (etwa 500 Meter von Aljustrel) - dorthin waren die Kinder am 13. August vom Bürgermeister nach Vila Nova de Ourém mitgenommen worden.
An der letzten Erscheinung, am 13. Oktober 1917, hatten sich rund 70.000 Menschen an der Stelle des heutigen Kirchenplatzes versammelt. Die Marienerscheinung teilte ihnen mit, dass sie die "Senhora des Rosenkranzes" sei und das man an dieser Stelle ihr zu Ehren eine Kapelle erstellen solle. Anschließend wurden alle Zeuge, wie die Madonna das Versprechen einlöste, das sie den Kindern im Juli und September gegeben hatte: das "Sonnenwunder". Die Sonne, die einer silbernen Scheibe ähnelte, drehte sich um die eigene Achse wie ein Feuerball, dass es fast so ausah, als ob es Funken sprühte.
Lúcia dos Santos , die als Schwester Lúcia mittlerweile dem Orden Santa Doroteia beigetreten war, hatte noch später noch dreimal eine Marienerschenung: am 10. Dezember 1925 und am 15. Februar 1926 jeweils im Kloster Pontevedra und in der Nacht vom 13. auf den 14. Juni 1929 im Kloster Tuy. Die Madonna erbat sich eine besondere Verehrung an den fünf ersten Samstagen. Dabei sollte der Rosenkranz gebetet, über die Geheimnisse des Rosenkranzes meditiert, gebeichtet und die heilige Kommunion empfangen erden - alles zur Sühne für begangene Sünden gegen das Unbefleckte Herz Marias sowie die Weihe Russlands zum selben Unbefleckten Herzen. Diese Bitte hatte die Erscheinung auch bereits am 13. Juli 1917 übermittelt.
Nachdem Schwester Lúcia 1927 in einer Botschaft des Himmels die Erlaubnis zur Offenbarung der ersten beiden Geheimnisse von Fátima erhalten hatte, schrieb sie diese auf. Dieser Brief wurde jedoch auf Anweisung ihres Seelsorgers verbrannt. 14 Jahre später, nämlich am 31. August 1941, schrieb Schwester Lúcia erneut die Geheimnisse auf und übergab diese dem Bischof von Leiria. Am 13. Mai 1942 wurden beide Geheimnisse veröffentlicht.
Das 3. Geheimnis wurde erst am 26. Juni 2000 von Joseph Kardinal Ratzinger und Erzbischof Tarcisio Bertone bekannt gemacht, obwohl Schwester Lúcia es bereits am 3. Januar 1944 aufgeschrieben hatte. Es wurde dem Bischof von Leiria in einem versiegelten Umschlag übergeben. Am 4. April 1957 kam der Umschlag in das Vatikanische Geheimarchiv mit der Anweisung, ihn nicht vor 1960 zu öffnen.
Das 1. Geheimnis von Fátima
„Unsere Liebe Frau zeigte uns ein großes Feuermeer, das in der Tiefe der Erde zu sein schien. Eingetaucht in dieses Feuer sahen wir die Teufel und die Seelen, als seien es durchsichtige schwarze oder braune, glühende Kohlen in menschlicher Gestalt. Sie trieben im Feuer dahin, emporgeworfen von den Flammen, die aus ihnen selber zusammen mit Rauchwolken hervorbrachen. Sie fielen nach allen Richtungen, wie Funken bei gewaltigen Bränden, ohne Schwere und Gleichgewicht, unter Schmerzensgeheul und Verzweiflungsschreien, die einen vor Entsetzen erbeben und erstarren ließen. Die Teufel waren gezeichnet durch eine schreckliche und grauenvolle Gestalt von scheußlichen, unbekannten Tieren, aber auch sie waren durchsichtig und schwarz.“
Das 2. Geheimnis von Fátima
„Ihr habt die Hölle gesehen, wohin die Seelen der armen Sünder kommen. Um sie zu retten, will Gott in der Welt die Andacht zu meinem unbefleckten Herzen begründen. Wenn man tut, was ich euch sage, werden viele Seelen gerettet werden, und es wird Friede sein. Der Krieg wird ein Ende nehmen. Wenn man aber nicht aufhört, Gott zu beleidigen, wird unter dem Pontifikat von Papst Pius XI. ein anderer, schlimmerer Krieg beginnen. Wenn ihr eine Nacht von einem unbekannten Licht erhellt seht, dann wisst, dass dies das große Zeichen ist, das Gott euch gibt, dass Er die Welt für ihre Missetaten durch Krieg, Hungersnot, Verfolgungen der Kirche und des Heiligen Vaters bestrafen wird. Um das zu verhüten, werde ich kommen, um die Weihe Russlands an mein unbeflecktes Herz und die Sühnekommunion an den ersten Samstagen des Monats zu verlangen. Wenn man auf meine Wünsche hört, wird Russland sich bekehren und es wird Friede sein. Wenn nicht, wird es seine Irrlehren über die Welt verbreiten, wird Kriege und Kirchenverfolgungen heraufbeschwören. Die Guten werden gemartert werden, der Heilige Vater wird viel zu leiden haben, verschiedene Nationen werden vernichtet werden, am Ende aber wird mein Unbeflecktes Herz triumphieren. Der Heilige Vater wird mir Russland weihen, das sich bekehren wird, und der Welt wird eine Zeit des Friedens geschenkt werden.“
Das 3. Geheimnis von Fátima
„Nach den zwei Teilen, die ich schon dargestellt habe, haben wir links von Unserer Lieben Frau etwas oberhalb einen Engel gesehen, der ein Feuerschwert in der linken Hand hielt; es sprühte Funken und Flammen gingen von ihm aus, als sollten sie die Welt anzünden; doch die Flammen verloschen, als sie mit dem Glanz in Berührung kamen, den Unsere Liebe Frau von ihrer rechten Hand auf ihn ausströmte: den Engel, der mit der rechten Hand auf die Erde zeigte und mit lauter Stimme rief: Buße, Buße, Buße! Und wir sahen in einem ungeheuren Licht, das Gott ist: ‚etwas, das aussieht wie Personen in einem Spiegel, wenn sie davor vorübergehen‘ und einen in Weiß gekleideten Bischof – ‚wir hatten die Ahnung, dass es der Heilige Vater war‘. Wir sahen verschiedene andere Bischöfe, Priester, Ordensmänner und Ordensfrauen einen steilen Berg hinaufsteigen, auf dessen Gipfel sich ein großes Kreuz befand aus rohen Stämmen wie aus Korkeiche mit Rinde. Bevor er dort ankam, ging der Heilige Vater durch eine große Stadt, die halb zerstört war und halb zitternd mit wankendem Schritt, von Schmerz und Sorge gedrückt, betete er für die Seelen der Toten, denen er auf seinem Weg begegnete. Am Berg angekommen, kniete er zu Füßen des großen Kreuzes nieder. Da wurde er von einer Gruppe von Soldaten getötet, die mit Feuerwaffen und Pfeilen auf ihn schossen. Genauso starben nach und nach die Bischöfe, Priester, Ordensleute und verschiedene weltliche Personen, Männer und Frauen unterschiedlicher Klassen und Positionen. Unter den beiden Armen des Kreuzes waren zwei Engel, ein jeder hatte ein Aspergill aus Kristall in der Hand. Darin sammelten sie das Blut der Märtyrer auf und tränkten damit die Seelen, die sich Gott näherten.“
